Pierwowzorem Polskiego Towarzystwa Antropologicznego była założona w 1873 Komisja Antropologiczna przy Akademii Umiejętności w Krakowie oraz powstałe w 1878 roku Towarzystwo Antropologiczne i Etnograficzne Polskie w Paryżu.

Polskie Towarzystwo Antropologiczne zostało powołane w Poznaniu uchwałą założycielską 12 listopada 1925. Pierwszym prezesem towarzystwa był prof. Adam Wrzosek.
Obecnie PTA liczy 300 członków skupionych w dziesięciu oddziałach. Oddziały te utworzone są przy wyższych uczelniach.

Co dwa lata organizowane są ogólnopolskie konferencje naukowe z udziałem członków, specjalistów innych dziedzin i gości zagranicznych. Towarzystwo ma charakter interdyscyplinarny, poza antropologami skupia badaczy innych dyscyplin zajmujących się człowiekiem: archeologów, socjologów, pedagogów, psychologów, lekarzy, badaczy kultury fizycznej i innych.

Polskie Towarzystwo Antropologiczne jest stałym członkiem Association of Human Biologist (IAHB) i Atlantic-Euro-Mediterranean Academy of Medical Sciences (AEM AMS), od wielu lat ściśle współpracuje z International Union of Anthropological and Ethnological Science (IUAES) i European Anthropological Association (EAA) oraz z wieloma placówkami naukowo-badawczymi w kraju i na świecie (m.in. Australia i USA oraz w Meksyku, Egipcie, Izraelu, Belgii, Niemczech, Włoszech i na Węgrzech).

Polskie Towarzystwo Antropologiczne wchodzi w skład Federacji Polskich Towarzystw Naukowych.

Czasopismem naukowym PTA jest istniejący od 1926 roku Przegląd Antropologiczny obecna nazwa Anthropological Review.

Działalność statutowa Polskiego Towarzystwa Antropologicznego jest finansowana ze środków własnych i dotacji Ministerstwa Nauki i Szkolnictwa Wyższego.