Pierwowzorem Polskiego Towarzystwa Antropologicznego była założona w 1873 Komisja Antropologiczna przy Akademii Umiejętności w Krakowie oraz powstałe w 1878 roku Towarzystwo Antropologiczne i Etnograficzne Polskie w Paryżu.

Polskie Towarzystwo Antropologiczne zostało powołane w Poznaniu uchwałą założycielską 12 listopada 1925. Pierwszym prezesem towarzystwa był prof. Adam Wrzosek.
Obecnie PTA liczy 300 członków skupionych w dziesięciu oddziałach. Oddziały te utworzone są przy wyższych uczelniach.